Universitas Cenderawasih sedang menyiapkan diri untuk menjadi universitas pembelajaran (teaching university) yang berdaya saing global dengan menempatkan ilmu antropologi dan Sumber Daya Alam sebagai Pola Ilmiah Pokoknya. Dilandasi oleh dorongan dan tyarget ‘excellency’ tersebut, maka pengembangan riset-riset unggulan (etno-science) berbasis budaya dan manajemen sumber daya alam adalah target yang sedang dipersiapkan oleh LPPM Universitas Cenderawasih dalam mewujudkan academic excellence. Oleh karena itu, untuk mewujudkan keunggalan ipteks berkarakter budaya dan berwawasan lingkungan, LPPM telah merumuskan suatu mekanisme perencanaan secara sistematis, komprehensif, dan integral sebagai satu mata rantai dalam tahapan dan siklus sistem manajemen berkesinambungan. Dalam hal ini, LPPM Universitas Cenderawasih, memikul tanggung jawab untuk mewujudkan pengembangan ipteks yang unggul sesuai karakternya, dengan mengacu pada kebijakan strategis pembangunan pendidikan nasional. Sejalan dengan arah kebijakan pemerintah untuk meningkatkan mutu dan relevansi perguruan tinggi denngan memberikan kesempatan seluas-luasnya dalam mengembangkan riset mandiri.
Salah satu fungsi penting yang diemban oleh LPPM UNCEN adalah penguatan mutu riset yang unggul dan berkarakter dalam menghantarkan Universitas Cenderawasih sebagai universitas riset. Hal ini, membutuhkan sistem perencanaan rasional dan sistematis yang dikemas dalam RIP (Rencana Induk Penelitian). Pada konteks itu, maka kebijakan riset di lingkungan Universitas Cenderawasih dikerangkakan dalam bentuk riset: fundamental, terapan, dan inovatif. Riset fundamental dimaksudkan untuk mengakomodasi tuntutan dinamika perkembanngan keilmuan, terutama sekali didorong pemanfaatan khasanah pengetahuan lokal sebaagai modal utama pengayaan ilmu pengetahuan baru. Sedangkan riset terapan, dimaksudkan agar dapat memberikan kontribusi nyata dan positif untuk kemanfaatannya bagi masyarakat dan pemerintah, khususnya terkait dengan matra pembangunan dengan berbagai dimensinya. Sementara itu, riset inovatif terus didorong untuk menghasilkan produk canggih yang unggul dengan karakteristik peralihan keteknologi baru yang memperoleh HaKI dan dipatenkan. Dengan demikian, penetapan prioritas pengembangan riset di lingkungan Universitas Cenderawasih didasarkan pada agenda riset nasional yang dipadukan dengan keinginan mengedepankan aspek lokalitas kawasan Papua. Maka, dengan mempertimbangkan potensi kekiniannya, kebijakan riset di lingkungan Universitas Cenderawasih difokuskan pada riset unggulan dalam bidang sains dasar, sosio-budaya, ekonomi, rekayasa dan teknologi.
Riset yang berbasis sosio-budaya, merujuk pada berkarakteristik sosio-budaya dalam kerangka pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni. Dicirikan oleh individu dan kolegial dalam mewujudkan kepribadian berkarakter cendekia, ber-wawasan moral kebangsaan dan budaya Papua. Atas dasar prinsip solidaritas yang kuat, diciptakan spontanitas kolegial dan keterpaduan karya komunitas akademis,yang bermartabat, menjunjung tinggi nilai-nilai kebersamaan dalam mengembangkan jati diri yang diakui dan dihargai sebagai insan akademis terpandang.
Berwawasan Lingkungan, dimaknakan sebagai wujud responsivitas terhadap lingkungan sekitar yang mencitrakan derajat kepedulian dalam pengelolaan sumberdaya alam Papua secara efektif dan efisien untuk memajukan masyarakat dan bangsa. Dalam hal ini, responsivitas untuk menciptakan kondisi kehidupan akademis yang respek dan kepedulian terhadap pengelolaan dan pelestarian lingkungan hidup serta kandungan kekayaan alamnya. Pengelolaan SDA yang efektif dan efisien, untuk mewujudkan desain akademis dalam rangka optimalisasi tata kelola sumberdaya alam yang tepat sasaran sehingga dan bermakna bagi kehidupan masyarakat bangsa.
Dengan demikian, sesungguhnya LPPM UNCEN dapat dijadikan sebagai parameter pengukur terhadap kehendak menyatakan wawasan budaya dan lingkungan sebagai basis utama dalam memajukan ipteks melalu karya Riset dan pengabdaian kepada masyarakat. Di mana para Periset yang dipersiapkan harus memiliki akar budaya yang kuat dalam menemukan, mengembangkan, menerapkan karya Riset di bidangnya sesuai konstelasi lingkungan. Dengan visi tersebut diharapkan menjadi identitas dan penciri utama LPPM sebagai salah satu institusi pengemban kemajuan bangsa yang relevan dengan Pola Ilmiah Pokok Universitas Cenderawasih.

Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LPPM) Universitas Cenderawasih terbentuk berdasarkan Keputusan Menteri PTIP – Nomor 82 tanggal 20 Juli 1963. Lembaga ini dulunya bernama Puslit (pusat peneltian) Universitas Cenderawasih. Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 0815/O/1995 tentang Organisasi dan Tata Kerja (OTK) Universitas Cenderawasih, Pusat Penelitian (Puslit) kemudian ditingkatkan statusnya menjadi Lembaga Penelitian (Lemlit) yang dipimpin oleh seorang Ketua dibantu oleh seorang Sekretaris dan sejumlah staf. Pengisian OTK tersebut baru dapat dilaksanakan pada Tahun 1998.
Kini, Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat adalah unsur pelaksana akademik yang melaksanakan sebagian tugas pokok dan fungsi Universitas Cenderawasih di bidang Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat di bawah Rektor. Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat dipimpin oleh seorang Ketua yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor. Dalam melaksanakan tugas, ketua dibantu oleh seorang sekretaris. Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) mengkoordinir pusat studi dan pusat kajian di lingkungan Universitas Cenderawasih dan sampai saat ini terdapat 19 pusat studi dan pusat kajian, yang dibentuk guna mendukung eksistensi penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi.